Tiền thân

Tiền thân của đội bóng là Câu lạc bộ bóng đá Quân khu 4, thành lập năm 1998, là một trong những đội bóng bán chuyên nghiệp của Quân đội Nhân dân Việt Nam, có nhiều thành tích thi đấu. Trụ sở chính của câu lạc bộ đó tại thành phố Vinh, Nghệ An.

Ngày 27 tháng 10 năm 2009, Bộ Tư lệnh Quân khu 4 đã quyết định chuyển giao đội bóng cho Ngân hàng thương mại cổ phần Nam Việt(Navibank) do ông bầu Nguyễn Vĩnh Thọ quản lý. Đội bóng sẽ mang tên NaviBank Sài Gòn và tiếp tục thi đấu ở V-League 2010 [1]. Các cầu thủ là quân nhân sẽ quyết định ra quân để khoác áo NaviBank hoặc tiếp tục ở lại trong quân đội, không theo đội bóng mới[2]. Tổng hành dinh của Câu lạc bộ được chuyển từ thành phố Vinh, Nghệ An vào Thành phố Hồ Chí Minh vào tháng 11 năm 2009.

Thi đấu chuyên nghiệp

Trong mùa giải đầu tiên với tên mới, Navibank Sài Gòn chỉ trụ trạng sau khi giành chiến thắng trong trận play-off với đội đứng nhì Giải hạng nhất. Tuy vậy, do các tiêu chuẩn về chuyên nghiệp hóa các đội bóng sau mùa giải 2010, Navibank Sài Gòn không bị rớt hạng trực tiếp mà được thi đấu play-off với đội đứng thứ 2 Giải hạng nhất là Than Quảng Ninh. Với chiến thắng trong trận đấu tại sân Chi Lăng ngày 5 tháng 9 năm 2010, Navibank Sài Gòn trụ lại V-League[3].

Giải thể

Tháng 9 năm 2012 bầu Thọ quyết định bỏ bóng đá không tài trợ nữa. Ngày 5 tháng 12, ban lãnh đội Navibank Sài Gòn tuyên bố giải thể câu lạc bộ.[4]